No Ensino Médio o aluno começa a relacionar as disciplinas que estuda com o mercado de trabalho. Desde a Primeira Série são passadas informações delicadas sobre o porquê da Universidade. Nos últimos anos, o Colégio Águia tem trazido para os alunos todas as iniciativas relacionadas ao ingresso no ensino superior. Assim, o aluno começa a entender o que é um vestibular ou o ENEM (Exame Nacional do Ensino Médio) e o que esses certames significarão na sua vida.
Os alunos no Ensino Médio do Colégio Águia já fazem “vestibulinhos” desde a Primeira Série. Esses testes são corrigidos pela leitora ótica e atribuem conceitos que serão acrescentados na avaliação escolar.
No Terceirão, acontece a revisão de todo o conteúdo ministrado nas duas primeiras séries do Ensino Médio. O aluno também recebe uma carga bem mais complexa de conteúdos. São oito apostilas, praticamente uma para cada mês letivo, contendo milhares de exercícios dos últimos vestibulares e do ENEM. Os estudantes do Terceirão do Colégio Águia têm monitorias de MATEMÁTICA, FÍSICA E QUÍMICA todas as semanas no período da tarde. Também são frequentes as aulas de revisão aos sábados.
Nos últimos dois anos, o Colégio Águia de Francisco Beltrão ficou com as médias mais altas no Enem da cidade, tanto na prova objetiva como na redação.
Para 2010, serão aproximadamente 40 alunos na Primeira Série; 45 na Segunda Série e 70 no Terceirão.